当农药在农业中广泛使用的时候，纽崔莱一直严禁使用化学农药和除草剂。纽崔莱从自然形成的化合物中提取杀菌剂和杀虫剂，同时通过害虫综合治理系统来防治虫害。杀虫剂等产品仅在必要时使用，有机农场批准使用的杀虫剂已被证明是低毒性、符合环保要求的。

在纽崔莱，用以保护植物原料不被害虫侵害的是瓢虫和蜉蝣的幼虫。而对于田鼠等害兽，白天就利用老鹰，晚上则让猫头鹰做为守护神。

纽崔莱在农场的多个地方设置了被称为“害虫避难所”的隔离带，这里杂草丛生，是害虫一个避开天敌的绝好藏身之处，在保护大自然的生态平衡方面起了很大的作用。如果只顾利用大量益虫捕食害虫等手段完全驱除害虫，结果益虫也就最终失去了食物，这样他们也不能够在田地里生存了。当虫害再次发生的时候，就没有益虫来帮忙了。

除此以外，在紫花苜蓿田里夹种可以释放出害虫讨厌气味的金盏花、在田里喷洒蒜精（浓缩物），这些方法既符合大自然生态平衡的要求，也不需要依赖农药，却可以使害虫不敢靠近。

纽崔莱的农田并不是用自来水灌溉的，而是利用地下水或清澈的江河湖水。纽崔莱用以灌溉的天然水源均含有多种养分，可以促进作物健康、茁壮地生长。

纽崔莱采用新型的人造卫星系统，检测这些水体的水质。纽崔莱从农场的数十处取水点抽取地下水，用以分析包括营养成分在内的水质情况，然后把这些分析数据通过人造卫星进行集中管理，以确保植物的灌溉安全、准确。